בישראל קיימת מערכת מיסוי מיוחדת לחברות המבוססות על בעלי מניות הקרובים משפחתית מדרגה ראשונה.

הגדרת חברה "משפחתית" היא : חברה המורכבת מאחד משמונת בני המשפחה הבאים: בן-זוג, אח, אחות, הורה, הורי הורה, צאצא וצאצאי בן-הזוג, ובן-זוגו של כל אחד מאלה.

המשמעות העיקרית של "חברה המשפחתית" היא ראייתה מבחינת רשויות המס כאישיות משפטית נפרדת. עם זאת – הכנסותיה או הפסדיה נחשבים כהכנסתו או הפסדו של בעל מרבית המניות בחברה שייחשב ל"נישום המייצג".

החברה המשפחתית תחל להיחשב כחברה משפחתית לפי בקשתה, שתומצא לפקיד השומה לא יאוחר מחודש לפני תחילת שנת המס, ובמידה והחברה נתאגדה לאחרונה צריכה להגיש בקשה להיחשב חברה משפחתית תוך שלושה חודשים מעת התאגדותה.

לבקשה יש לצרף את הסכמתו של בעל החלק הגדול ביותר ברווחי החברה להיות "הנישום המייצג" כאמור.

"הנישום המייצג" המכונה בעגה המקצועית "חבר נישום", מייצג את החברה והוא בעצמו ממוסה על הכנסת החברה בפני רשויות המס. המס על הכנסת החברה יחושב לפי שיעורי מס המוטלים על בעל המניות העיקרי כ"יחיד" ולא כחברה, והדבר מאפשר גם קיזוז של הפסדים אישיים של ה"נישום המייצג" למרות שמדובר בחברה.

למעט עניין המיסוי – חברה משפחתית היא חברה בע"מ וגוף משפטי שיכול לתבוע ולהיתבע מבחינה משפטית. בשונה מחברה רגילה, שאינה ממוסה על דיבידנד המתקבל מחברות בת, חברה משפחתית תשלם מס על דיבידנד כאילו הדיבידנד התקבל אצל אדם פרטי. אם בעל מניות בחברה משפחתית מוכר חלק ממניותיו למי שאינו מוגדר כ"קרוב", תוקף מעמדה כחברה משפחתית חדל מתחילת שנת המס.

החברה המשפחתית רשאית להחליט עד מועד הגשת הדוחות השנתיים לגבי שנת מס מסוימת, שהיא חדלה מלהיות חברה משפחתית החל מאותה שנת מס. במקרה זה "חברה שחדלה להיות חברה משפחתית זכאית, לא תוכל לשוב ולבקש להיות חברה זכאית לפני תום שלוש שנות מס מהשנה שבה חדלה להיות זכאית".

יש לבחון היטב באם בכלל כדאי לכם להכנס להגדרת חברה משפחתית על פי חוק מס הכנסה, שכן לחברה משפחתית ישנן גם חסרונות בנושא המיסוי. לדוגמא: אם החברה המשפחתית מעוניינת בהשקעות בציוד או נכסים, לא תוכל לעשות שימוש ברווחים בלתי מחולקים ללא שימוסו.

במידה והחברה מחליטה לשמור בקופתה רווחים בלתי מחולקים לצורכי השקעה בציוד או נכסים בהמשך היא תשלם עליהם מס שולי מלא כפי שחל על הנישום המייצג, כלומר אם חל עליו המס השולי הגבוה ישלם 48% מס, ולא 29% מס חברות בלבד כפי שחל על חברות.

למעשה סע' 64א צפוי להתבטל כאשר ייכנסו לתוקף תקנות מכוח סעיף 64א1 לעניין חברה שקופה.

סעיף 64א1 המתייחס לחברה שקופה, כבר כלול בפקודת מס הכנסה, אך תחולתו מתעכבת עקב אי התקנת תקנות בעניין ע"י שר האוצר.

חברה שקופה הוא הסדר אשר קיים בהרבה מדינות מערביות כולל ארה"ב, והוא אמור להחליף את הסדר החברה המשפחתית.